Elfen Lied karanlık yapısı olan, insanların vücutlarının parçalandığı, kanın bolca olduğu bir konu yapısına sahiptir. Elfen Lied sadece tek kişinin hayatı üzerine yoğunlaşmamış diğer karakterlerinde anılarından kesitler vermeye çalışmıştır. Baş karakter Lucy adlı bir "Diclonius"dur. Lucy inin hafızanın sürekli gitmesi nedeniyle soğuk bir katilden aptal bir dilsiz kıza dönüşmesi konunun daha uzun sürmesine neden oluyor. İlerleyen bölümlerde Lucyinin başından geçenleri görmeye başlıyoruz ve hikaye böylelikle anlaşılır bir hal almaya başlıyor.